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"Partager le Progrès scientifique pour l'aviculture de demain"

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Imbroglio chez les Poules de Jungle: sœurs, cousines ou simplement voisines? La génomique lève le voile et révèle des secrets de famille. 

 

 

 Résumé : L’histoire évolutive du genre Gallus, auquel appartient la poule, a fait l’objet de nombreuses études qui ont abouti à des arbres phylogénétiques incompatibles. Le genre est formé de 4 espèces sauvages de Coqs : le Coq sauvage ou doré (Gallus gallus, Asie du Sud-Est), le Coq de Sonnerat (Gallus sonneratii, Inde), le Coq de Lafayette (Gallus lafayettii, Sri Lanka) et le Coq de Java (Gallus varius, Indonésie). La Perdrix des bambous (Bambusicola thoracicus) est le genre le plus proche de Gallus dans la famille des Phasianidae. Les études précédentes suggèrent que le branchement ancestral entre ces deux genres concerne soit le Coq sauvage (scénario A) soit le Coq de Java (scénario B). Elles souffrent cependant de limitations liées entre autres au faible nombre d’échantillons, souvent un seul oiseau par espèce, et au peu de gènes étudiés

   Galus
Les chercheurs INRAE ont séquencé le génome complet de plusieurs oiseaux des 5 espèces, issus soit de leur milieu naturel soit de parcs zoologiques, et construit un ensemble de 33 millions de marqueurs pour inférer l’arbre phylogénétique. Il s’avère que les Coqs de Sonnerat issus des parcs sont en réalité des hybrides Coq de Sonnerat (~90%) / Coq sauvage (~10%) avec une hybridation remontant à 200 ans, ce qui perturbe les analyses phylogénétiques. Suivant la méthode d’inférence et le jeu de marqueurs utilisé, on retrouve le scénario A ou B, avec à chaque fois une certitude absolue. La quantification des flux de gènes entre espèces produit des valeurs aberrantes sous le scénario B et permet in fine de choisir le scénario A où l’espèce Gallus gallus constitue bien le branchement ancestral, et non Gallus varius (scénario B) suggéré dans d’autres études.

Cette étude illustre l’importance de préserver le patrimoine génétique des espèces sauvages et de bien valider les échantillons pour les études évolutives, même avec des données massives. Les travaux s’orientent maintenant vers la contribution possible des différentes espèces du genre Gallus à la domestication du poulet.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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